Az új kormány által tervezett energiapolitikai intézkedések a korábbiaktól teljesen eltérő megközelítést követelnek a hivatal első számú vezetőjétől. Elsődleges cél a megalapozott, társadalmi konszenzuson nyugvó, hosszú távú nemzeti energiastratégia megvalósítása, és az ehhez szükséges források és állami intézkedések biztosítása.

Az új szakmai stratégiának megfelelő vezetés kialakítása elé dr. Matos Zoltán nem kívánt akadályt támasztani, ezért közös megegyezéssel, 2010. június 30-i hatállyal lemondott a tisztségéről. A Magyar Energia Hivatal elnöki székének betöltésére a nemzeti fejlesztési miniszter pályázatot ír ki.