A hajdúk többsége Dél-Magyarország végvidékeiről elmenekült és elüldözött magyarságból került ki, akikhez különböző délszláv népekből származók is csatlakoztak. Létezik olyan vélekedés, amely szerint amikor Zsigmond király a szerb várak fejében Debrecen vidékét átengedte a szerb fejedelmeknek, a töröktől szorongatott szerbek közül sokan telepedtek le a Tiszántúlon, akik idővel beolvadtak a magyarságba.

A későbbiekben is jöttek rácok a Tiszántúlra, így Böszörmény régebben Rác-Böszörmény néven volt ismert. Amikor Bocskai István fejedelem a hajdúvárosokba telepítette a hajdúkat, velük együtt sok rác és rutén vitéz is kapott földet és letelepedtek. Ezzel szemben áll az a nézet, hogy a török veszély előtti időkben is éltek nálunk hajdúk. A XVI. században valóban érkeztek délszláv elemek, de részarányuk egyre fogyott, és akik itt maradtak, azok is elmagyarosodtak. Sokan a harcokban elpusztultak, és helyettük újak már nem érkeztek. Még más nézet szerint a hajdúk lakóhelyükről elmenekült alföldi magyarok, főleg kunok, hiszen életmódjuk és embertani megjelenésük nemigen különbözik a szomszédos nagykunokétól.

A „hajdú” szó a XVI. század elején még „barompásztor”, „tehénpásztor”, „hajtó” jelentésben élt. Ezek az emberek a XV. században fellendült marhakereskedelem állatainak hajtói voltak. Veszedelmes foglalkozásuk nagy ügyességet, erőt és szakértelmet kívánt. A szarvasmarha-kereskedelem megcsappanása után zsoldos katonai szolgálatokat vállaltak királyi várakban, erdélyi fejedelmeknél és másutt. Soraikat állandóan gyarapították a földönfutóvá lett jobbágyok.

A hajdúk az idők folyamán kapitányokkal, hadnagyokkal és tizedesekkel sajátos katonai szervezetet hoztak léte; letelepedésük is hadirend szerint, katonai formában történt. Katonai szervezetük alakítása a tizenötéves háborúban (1591–1606) fejeződött be. A telepek feje a kapitány volt; a községek tizedekre oszlottak, melyeknek élén a hadnagyok álltak, harcmodoruk a portyázás és a lesvetés volt.

A településeket „communitas”-nak vagy „respublicának” nevezték és mély árkokkal vették körül. A hajdútelepeken a megélhetés alapja az állattenyésztés volt; állataikat fegyverrel őrizték, földet csak saját szükségletükre műveltek. Jó gazdálkodásukkal, híres állattenyésztésükkel tisztes gazdasorba emelkedtek. 1609. szeptember 13-án Báthory István fejedelem Nagykállóért cserébe átadta a hajdúknak Böszörmény városát és Pród falut; Böszörményből a Hajdúkerület székvárosa lett. Bocskai István nemcsak katonaként fogadta be, hanem le is telepítette őket. Több mint kilencezer vitézt saját birtokán szerződtetett. Szerződésük szerint háború idején katonáskodtak, ennek fejében nemesi szabadságot kaptak és mentesültek mindennemű földesúri szolgáltatás alól. A hajdútelepek kiterjedtek Dél-Bihartól a Sajó–Hernád torkolatáig húzódó félkör alakú vidékre, sőt, a Dunántúlon és Erdélyben is akadtak hajdú jellegű települések a várak közelében. Az erdélyi fejedelmek és a tiszántúli földesurak számos községgel kötöttek hajdúszabadságot biztosító szerződést. Az utolsót II. Rákóczi Ferenc 1708-ban kötötte Tarpával. A hajdúk valóságos támaszai voltak a XVII. századi függetlenségi harcoknak.

Bocskai István a hajdúk egy csoportját 1605–1606-ban Böszörmény, Dorog, Nánás, Hadház, Szoboszló és Vámospércs – a későbbi Hajdúkerületet alkotó hat „öreg hajdúvárosba” telepítette, ez azonban csak egy része volt a hajdútelepeknek. A települések kiváltságaikat egészen 1872-ig megőrizték. Erdélyben a hajdúszabadságot a későbbi országgyűlések nem ismerték el, így az az erdélyi fejedelemség bukásával (1690) megszűnt. A szabolcsi hajdúk az úgynevezett „kisebb hajdúvárosokba” költöztek, de kiváltságaikat ők is csak 1711-ig tudták megtartani. Sokuk nem nyugodott bele, hogy jobbágysorba taszították őket, és mintegy száz évig pörösködtek. A szabadságharc leverésekor kedvező alkalom kínálkozott, hogy egyrészt a nemesség régi vágya teljesüljön, másrészt, hogy a Habsburg-ház katonailag leszerelje a magyarságot, és elejét vegye a gyarmatosító politikájával szembeni ellenállásnak. A nemesség a hajdúság letelepítésében, kiváltságokkal való felruházásában a parasztság jogainak nem kívánatos bővítését látta; összefogtak a Habsburgokkal, hogy minden alap mellőzésével a hajdúság zömét jobbágysorba taszítsák. Az egykori kisebb hajdútelepek lakossága néma ellenállásba kényszerült, és tömegesen elvándorolt máshová, ahol továbbra sem tagadták meg származásukat.

A szabad paraszti állapot a szomszédos kun és jász kerületekhez, valamint a nagy alföldi mezővárosokhoz hasonlóan a hajdúvárosokban is sajátos mezővárosi helyzetet, önigazgatási autonómiát és a jobbágyparaszti területeknél jóval több művelődési lehetőséget biztosított, amelyből a XVIII–XIX. században fejlettebb paraszti kultúra sarjadt ki.

A hajdúk szerepe szorosan beletartozik ama népi mozgalmak sorába, amelyeket mindenütt megtalálunk, ahová a törökök behatoltak. A Balkánon ismeretes keftek, morlákok, uszkókok, hajdukok, haramiákok és az ukrajnai kozákok, a lengyel hajdemákok szerepe lényegében azonos. Mindannyiuk közös jellemvonása, hogy a rendi korlátok felrúgásával új, szabad társadalmi körülményeket teremtettek maguknak és megalkuvás nélkül harcoltak a törökök, majd az utánuk következő elnyomók ellen. Nemzetünk szerves részei voltak, akik ma is itt élnek közöttünk.