A jelentés szerint a magyar állam sokszor szabálytalanul csoportosított át pénzeket, képtelen volt visszaszerezni a jogosulatlanul felvett támogatások jelentős részét, s a nyilvánosságot sem informálta a pénzek felhasználásáról. A számvevők azt is megállapították: 2009-ben az előző évihez képest ötszörösére nőtt a szabálytalanul folyósított támogatások összege, ami így megközelítette a 9 milliárd forintot.

A két legnagyobb támogatáskifizető szerv, a Mezőgazdasági és Vidékfejlesztési Hivatal, valamint a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség szabálytalanságok miatt 33 milliárd forintot követelt vissza a kedvezményezettektől az elmúlt öt évben. Ezenkívül további 8,4 milliárdnyi agrártámogatást követel vissza az Európai Bizottság. E követeléseknek azonban mindössze 41 százalékát sikerült behajtaniuk az állami szerveknek. Ebben annak is része volt, hogy a behajtásra jogosult két állami szervezet, az MVH és az APEH között az információcsere szervezetlen és esetleges volt.

Az átláthatóságot rontja, hogy a támogatásokat szétosztó intézmények nem kezeltek szabálytalanságként több olyan, az Európai Bizottság által jogosulatlannak ítélt pénzügyi konstrukciókat, amelyek több tízmilliárd forinttal terhelték a hazai költségvetést. Az összegzésnél szintén nehézséget okozott, hogy a támogatást felhasználó intézmények programonként elkülönülten számoltak be az Európai Bizottságnak, és nem készült valamennyi uniós programra kiterjedő, átfogó összesítés.

A számvevők kimutatása szerint a legtipikusabb szabálytalanságok a közbeszerzési törvény megsértése, a projekt nem megfelelő mértékű megvalósítása, nem elszámolható költségek elszámolása, valamint a jogosulatlan tételek kifizetése volt. A mezőgazdasági támogatások esetében pedig a jogosulatlan gépbeszerzések, az agrár-környezetgazdálkodási vállalások megsértése, valamint az intervenció