Pénteken 10 órakor 12 gyászruhába öltözött nemes hozta be a vállán a pápa koporsóját a Szent Péter térre. A gyászszertartáson részt vett George W. Bush amerikai elnök, Tony Blair brit miniszterelnök, Gerhard Schröder német kancellár, János Károly spanyol király, Jacques Chirac francia elnök. Hazánkat Mádl Ferenc államfő, Gyurcsány Ferenc kormányfő, Szili Katalin, az Országgyűlés elnöke, Lomnici Zoltán, a Legfelsőbb Bíróság elnöke, Szabó Vilmos, a Miniszterelnöki Hivatal politikai államtitkára képviselte. II. János Pál búcsúztatásán valamennyi magyar parlamenti párt képviselője jelen volt. A közel háromórás szertartás főcelebránsa Joseph Ratzinger bíboros volt, aki megidézte Karol Wojtylát, az ifjú színészt, a drámaírót, a vegyi üzemi munkást, az embert, a papot. Azt, akinek az életét meghatározta jelmondata: Teljesen a Tiéd! Sok milliárd ember látta, tapasztalta azt az elszántságot, amellyel igyekezett eltüntetni a szakadékot a katolicizmus és többi vallás között. Talán ennek is köszönhető, hogy a gyászmise előtt kezet fogott egymással az izraeli államfő és a szíriai elnök.

Ratzinger bíboros szavai összegezték a pápai életutat: "A mi pápánk – tudjuk valamennyien – soha nem akarta menteni saját életét, megtartani azt magának, fenntartások nélkül magát akarta nyújtani, egészen az utolsó pillanatig, Krisztusnak és ezzel együtt nekünk is." A szentatyát 15 különálló lapból álló végrendelete szerint helyezték örök nyugalomra a Szent Péter-bazilika altemplomában. II. János Pál azt kérte, hogy koporsóját a földbe temessék. A Rómában összegyűlt több millió zarándok 13 óra előtt vett végső búcsút a szentatyától, akinek koporsóját a 12 nemesi családból való férfi vitte le az altemplomba. Ott zárt körben, Szent Péter sírjának közelében, röviddel fél három előtt helyezték el a kriptában. A temetés napján egész Lengyelországban hívek milliói emlékeztek honfitársukra. Varsóban nyolcszázezren, a pápa szülővárosában, Wadowicében húszezren, Krakkóban egymillióan imádkoztak a köztereken elhelyezett kivetítők előtt, amelyen a temetési szertartást követték nyomon. Hazánkban is nemzeti gyásznappá nyilvánították a pénteki napot. Az iskolákban rövid műsorokkal emlékeztek a katolikus egyházfőre. A parlament előtt katonai tiszteletadás mellett felvonták, aztán félárbocra eresztették a nemzeti lobogót és megkondultak a Szent István-bazilika harangjai.