Bauer Tamást a párt megújult ügyvivői testületébe sem választották be, csak az Országos Tanács tagjai között kapott helyet. Csökkent a Kuncze ellenzékéhez tartozók száma az ügyvivői testületben, hiszen kiesett onnan Horn Gábor politikai államtitkár és Kóródi Mária környezetvédelmi miniszter is, tagja maradt azonban a Bauer köréhez tartozó Fodor Gábor és Gusztos Péter. Négy új tag került be a testületbe: Ungár Klára, Béki Gabriella, Csőzik László, az Új Generáció elnöke és Kovács Kálmán informatikai miniszter.

Az elnökjelöltek beszédeikben kölcsönösen támadták a másik fél választások óta tett lépéseit. Kuncze kifejtette, hogy a tavaly áprilisi választások eredményeivel ugyan ő sem elégedett, de legfontosabb célját a párt elérte azzal, hogy az MSZP-vel közösen leváltották a Fidesz-kormányt és feladatokat vállaltak az új kormányban. Az SZDSZ-en belüli belső problémákat azonban nem a nyilvánosság előtt kellene megtárgyalniuk, mert a sértett írások valamennyiük munkáját tönkreteszik, mivel „az SZDSZ egészéből csinálnak hülyét”. Kuncze elmondta, hogy amikor ezeket az írásokat olvassa, akkor „nem a rémképként fölfestett elemdéefesedéstől” félti magukat, hanem az „elkisgazdásodástól”, amelynek első jelei már megjelentek a pártelnök szerint. Ezt az öngyilkos politizálást abba kell hagyni – jelentette ki.

Utána Bauer Tamás elnökjelölt beszéde következett, aki kijelentette, hogy az SZDSZ beteg. Szerinte újra kell tárgyalni a koalíciós megállapodást, a frakció összetételén pedig változtatni kell. Bauer úgy gondolja, hogy a választásokon elért eredmény egy folyamatosan zuhanó tendencia végállomása az SZDSZ életében, ami azzal zárulhat, hogy a 2006-os választáson a párt esetleg nem kerül be az Országgyűlésbe, amire szerinte minden esély megvan, ha a párt nem mutat az MSZP-től elütő arculatot és végre nem valósítja meg saját programját a kormányzás során, amelyet a párt a koalíciókötés során feladott. A párt körüli értelmiség szerint „az SZDSZ jelenleg nem látszik ki a koalícióból”. A párt kongresszusán felszólalt Medgyessy Péter kormányfő is, aki kifejtette, hogy az országnak és a kormánynak is az az érdeke, hogy „az SZDSZ egy egységes, erős, sikeres párt legyen”, de hozzátette, ő nem kíván beleszólni a párt belső ügyeibe.

A párton belüli támogatók közül Fodor Gábor szólalt meg Bauer mellett, aki a kormányzati pozíciók osztogatása során kimaradt a tisztségekből és azóta is jelentősen háttérbe szorul. A párt négy minisztere már a kongresszus előtti napon egyöntetűen kiállt Kuncze Gábor mellett. Az SZDSZ ifjúsági tagozatának, az Új Generációnak a korábbi elnöke, Gusztos Péter is Bauer mellett foglalt állást beszédében. Neki jutott a megtiszteltetés, hogy a felszólalók közül elsőként gratulálhasson Kuncze Gábornak, az újra megválasztott elnöknek. Majd beszélt egy álmáról, egy pártról, amely egykor egy fél országot volt képes maga mögé állítani, de az nem olyan volt, mint a mostani SZDSZ. Beszélt egy pártról, amelynek vezetői nem tűrik, hogy koalíciós partnerük az ellenzék kisebbik pártjával együtt szavazza le őket, egy pártról, amelynek vezetői nem tűrik, hogy koalíciós partnerük a megkérdezésük nélkül alakítsa át a kormányt és arról ők már csak az újságcikkekből értesüljenek.

Bauer ugyan a kongresszus előtt kifejtette, hogy nem Kuncze Gábor ellen indul, hanem „a jelenlegi vezetés politikájával szemben”. Kuncze pedig jelezte, hogy nem indul a párt ügyvivői posztjáért, amit azzal indokolt, hogy ha Bauert választaná meg a tagság elnöknek, akkor ő nem kívánna vele egy vezetőségben dolgozni. Bauer párton belüli helyzetét jól mutatta, hogy amikor Zwack Péter egyéb elfoglaltságaira hivatkozva lemondott mandátumáról, az SZDSZ Országos Tanácsa a szinte ismeretlen Mézes Éva orvosnőt választotta ellenében a frakcióba. A kis párt kormányon belüli pozíciója is gyengülni látszik. Nemrég koalíciós feszültségeket okozott, hogy Szekeres Imrének Medgyessy Péter kibővítette feladatkörét. A Miniszterelnöki Hivatal politikai államtitkárát ugyanis megbízta a képviselőcsoportok, a kormánypárti frakciók és a minisztériumok közötti egyeztetések felügyeletével, amely eddig nagyrészt Horn Gábor SZDSZ-es politikai államtitkár feladatkörébe tartozott. Feszültséget keltett az is, amikor az Országgyűlés nemzetbiztonsági bizottságában az SZDSZ az MSZP ellenében, a Fidesszel együtt szavazott a Nádor 95 Rt. ügyében. Ez volt az a cég, amelyik a Horn-kormány idejében a titkosszolgálatok számára szükséges telefonlehallgató-berendezések beszerzését vállalta. A kilenc hónapnyi kormányzás során előfordult már a két párt között ellentét, a Terror Háza költségvetése vagy az ügynöktörvény módosítása során, amikor az MDF sietett az MSZP segítségére. Kovács László MSZP-elnök legutóbb meg is jegyezte, hogy Medgyessy partnert lát az MDF-ben.